O Centro de Ciências Agrárias da UEMASUL, campus Imperatriz, está localizado no perímetro urbano da Rodovia BR-010. Atualmente, ele encontra-se em fase de construção, na etapa de acabamentos finais, e contará com estrutura física composta por 20 salas de aula, 20 laboratórios, uma biblioteca setorial, três salas administrativas, um auditório setorial, uma cantina e uma área de vivência universitária para atender aos cursos de Engenharia Agronômica, Engenharia Florestal e Medicina Veterinária.
O Centro de Ciências Agrárias, Naturais e Letras – CCANL, campus Estreito, está localizado na Av. Brejo do Pinto, bairro Brejo do Pinto. O Centro é parte do projeto de expansão da UEMASUL e foi inaugurado em março de 2020, ofertando os cursos de Ciências Naturais com habilitação em Matemática ou Física, Engenharia Agronômica e Letras, Língua Portuguesa e Literaturas de Língua Portuguesa.
O Centro de Ciências Exatas, Naturais e Tecnológicas – CCENT, campus Imperatriz, está localizado no centro da cidade, na Rua Godofredo Viana, nº 1300. Fazem parte do centro os cursos de Ciências Biológicas, Física, Matemática e Química, todos na modalidade licenciatura.
O Centro de Ciências Humanas, Sociais e Letras – CCHSL, campus Imperatriz, está localizado no centro da cidade, na Rua Godofredo Viana, nº 1300. Fazem parte do centro os cursos de Administração; Letras, Língua Portuguesa, Língua Inglesa e Literaturas; Letras, Língua Portuguesa e Literaturas de Língua Portuguesa; Geografia; História e Pedagogia.
O Centro de Ciências Humanas, Sociais, Tecnológicas e Letras -CCHSTL, campus Açailândia, está localizado na Rua Topázio, 100, Vila São Francisco. Fazem parte do Centro os cursos de Letras Licenciatura em Língua Portuguesa e Literaturas de Língua Portuguesa e Pedagogia, ambos na modalidade Licenciatura; Administração e Engenharia Civil, na modalidade Bacharelado e Tecnologia de Gestão Ambiental, na modalidade Tecnólogo.
O Centro de Ciências da Saúde da UEMASUL, campus Imperatriz, foi criado pela Lei nº 10.880, de 5 de julho de 2018, e funcionará ao lado do Hospital Macrorregional de Imperatriz, na Av. Pedro Neiva de Santana. Inicialmente irá abrigar o curso de Medicina, com ingresso da primeira turma no segundo semestre de 2020, e contará futuramente com os cursos de Farmácia e Saúde Coletiva, todos na modalidade Bacharelado.
A Pró-Reitoria de Gestão e Sustentabilidade Acadêmica (PROGESA) é o órgão responsável pelo planejamento, coordenação, acompanhamento e avaliação dos cursos. A PROGESA age pautada no compromisso da prestação de bons serviços à comunidade acadêmica e à sociedade como um todo.
A Pró-Reitoria de Pesquisa, Pós-Graduação e Inovação (PROPGI) tem por objetivo a consolidação de uma cultura de pesquisa no âmbito da instituição e o incremento quantitativo e qualitativo da produção científica institucional, por meio de estímulos de caráter técnico, estrutural e financeiro. A PROPGI incentiva a participação de pesquisadores e alunos da universidade em redes de pesquisa nacionais e internacionais, fomentando o intercâmbio e fortalecendo os grupos de pesquisa existentes.
A Pró-Reitoria de Planejamento e Administração (PROPLAD) tem as competências de: planejar, coordenar as atividades e políticas de planejamento, administração, gestão orçamentária, financeira e patrimonial.